腌臘制品加工中的優勢菌只要有：乳酸菌、酵母菌、微球菌、葡萄球菌和霉菌等。研究表明，在加工過程中，臘魚中的乳酸菌、酵母菌、葡萄球菌和微球菌會大量生長繁殖。在腌臘魚中可分離鑒定出20株乳酸菌，其中H株為香腸乳桿菌（乳桿菌屬），為腌臘魚加工中優勢乳酸菌。乳酸菌主要有5種，分別為：食品乳桿菌、植物乳桿菌、乳酸片球菌、彎曲乳桿菌和戊糖片球菌，其中乳酸片球菌的粗蛋白酶活力和低溫高鹽耐受性優于其他菌株，適用于加工臘魚。
水產品種常見的食源性致病菌有：金黃色葡萄球菌、單核細胞增生李斯特氏菌、沙門氏菌、霍亂弧菌、創傷弧菌、腸出血性大腸埃希氏菌、副溶血性弧菌、溶藻弧菌等，可以引起人類的腸道疾病；發酵肉制品中的致病微生物有沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、肉毒梭菌、李斯特菌等。假單胞菌、產堿桿菌、微球菌和鏈球菌等會引起肉的發粘，這些細菌在代謝過程中產生揮發性的甲酸、乙酸、丙酸和丁酸，而產生異味。為了控制腌臘魚制品微生物的污染，可以采取控制原輔料的初始菌數、加工過程中的衛生狀況和溫度等措施。另外，也可對產品進行紫外線殺菌、 高壓殺菌和微波殺菌等高效的殺菌技術，從而保證腌臘魚產品從原料到終端消費者的質量和安全。
