1.采收
采收的標準是菌蓋輕微展開，鮮銷的金針菇應在菌蓋6～7分開時采收，不宜太遲，以免柄基部變褐色，基部絨毛增加而影響質量。
2.分級
(1)一級菌蓋呈半圓球形，直徑0.5～1.3厘米，柄長14～15厘米，整齊度80%以上，無褐根，無雜質。
(2)二級菌蓋未開傘，呈半圓球形，直徑1.2～1.5厘米，柄長13～15厘米，柄基部淺黃至淺褐色，有色長度不超過1.5厘米，無雜質。
(3)三級菌蓋直徑1.5～2厘米，柄長10～15厘米，柄基部黃褐色占1/3，無雜質。
3.暫時貯存
金針菇不耐鮮貯，采收后需盡快處理，暫時存放應放在低溫黑暗處，將菇體攤薄，禁止堆積，嚴禁向菇體灑水。
4.初加工
將菇體檢驗雜質后在冷水中沖選兩遍，取出至不滴水，然后放入沸水中(不能用鐵、銅鍋)煮沸5～10分鐘，撈出，冷水沖洗后放入0.1%～0.2%的檸檬酸水中，送往罐頭加工廠。
5.鹽漬
(1)預煮把5%～10%食鹽水置于鋁鍋內煮沸，倒入金針菇，煮沸5～7分鐘，撈出瀝去水分。
(2)鹽漬每100公斤菇加入25～30公斤食鹽。先在缸底放一層鹽，加一層菇，反復至缸滿，再注入煮沸后冷卻的飽和食鹽水，使菇浸泡在食鹽水中，再加入調整液，使溶液pH值達3.5左右，不足用檸檬酸調節。
(3)管理冬天7天翻缸一次，共3次；夏天2天一次，共10次。一般鹽漬20天即可裝箱外運。
6.制罐頭
把優質的金針菇放在開水中燙幾分鐘撈起，進行脫色，然后放在生理鹽水中，制罐，高壓滅菌消毒，即制成罐頭。其工藝為：采收→挑選→殺青→冷卻→分裝→加液→排氣→壓蓋→殺菌(123～130℃，30分鐘～90分鐘)→冷卻→保溫(38℃)→檢驗→成品。
7.塑膜真空包裝
采用聚丙烯塑料膜包裝，用高頻抽氣機密封，低溫保藏，在1℃環境中可保鮮20天，7～8℃保鮮10天。
8.干制
把鮮金針菇曬干或烘干至含水量10%～12%。曬干的金針菇色較深，不耐久藏。烘干的金針菇色澤好，質量高，但成本高，耐久藏。
