中藥材采收加工后，必須及時進行科學的包裝、貯藏，才能保證其藥效、質量和價值，否則，若包裝貯藏不當，將使其出現蟲蛀、霉爛、變質、走油、變味等腐敗現象。不僅失去藥效，而且服用后還會產生毒副作用。
1、含揮發油類藥材的貯藏：如細辛、川芎、白芷、玫瑰花、玳玳花、佛手花、月季花、木香、牛膝等都含揮發油，氣味濃郁芳香、色彩鮮艷、不宜長期暴露在空氣中，受溫度、濕度、氧氣和光線的影響，將造成變色、走油、變味。為此，此類藥材宜用雙層無毒塑膜袋包裝。袋中放少量生石灰、明礬、干燥的鋸木屑、谷殼等物并扎緊后貯藏于干燥、通風、避光處。
2、果實、種子類藥材的貯藏：如郁李仁、薏苡仁、柏子仁、杏仁、芡實、巴豆、木鱉子巴豆、蓮子肉等藥材含淀粉、脂肪、糖類、蛋白質等成份。若遇高溫則其油外滲、使藥材表面出現油斑污點、引起變質、酸敗和走味。為此，此類藥材不宜貯藏在高溫場所，更不宜用火烘烤，應放在陶瓷缸、玻璃缸、瓶內或金屬桶等容器內貯藏于涼、干燥、避光處。有的則宜先用文火加熱炒或用沸水燙氽等消毒滅菌后再裝入容器內貯藏。可防蟲蛀和霉爛變質。
3、含淀粉類藥材的貯藏：如明黨參、北沙參、何首烏、大黃、山藥（淮山）、葛根、澤瀉、貝母等多含淀粉、蛋白質、氨基酸等多種成分。為此，宜用雙層無毒塑膜袋包裝扎緊后放在裝有生石灰或明礬、干燥鋸木屑、谷殼等物的容器內貯藏。可防蟲蛀、變質、霉爛。
4、含糖類藥材的貯藏：如白艿、知母、枸杞子、玉竹、黃炳、何首烏、天冬、地黃、黨參、玄參等藥材，易吸潮而糖化發粘、且不易干燥，致使霉爛變質。因此，這類藥材首先應充分干燥，然后裝入雙層無毒的塑膜袋內包好扎緊，放在干燥的陶瓷缸、壇內，再放些生石灰或明礬、新鮮干燥的鋸木屑、谷殼等物覆蓋防潮，然后密封貯藏。
