乳酸菌飲料和酸奶是有很大區別的，乳酸菌飲料是以乳或乳制品為原料，經過乳酸菌發酵后加入水、食糖和（或）甜味劑、酸味劑、果汁、茶、咖啡、植物提取液等調制而成的飲料，乳酸菌飲料根據是否滅菌分為殺菌（非活菌）型和未殺菌（活菌）型。
酸奶是將鮮牛奶經過殺菌后添加有益菌（發酵劑），經發酵后，再冷卻灌裝的一種牛奶制品。目前市場上的酸奶多以凝固型、攪拌型和添加各種果汁果醬等輔料的果味型為多，酸奶不僅保留了牛奶的營養，在發酵過程中更增加了不少保健功效。
酸奶經過發酵后使奶中糖、蛋白質有20%左右被水解成為小的分子，奶中脂肪含量一般是3%-5%。經發酵后，乳中的脂肪酸可比原料奶增加2倍。提高了寶寶胃內的酸度，因此對寶寶的水化吸收更有利。
乳酸菌和酸奶最大的區別就是蛋白質含量不同，酸奶在制作過程中是不加水的，若配料中有水的成分則為乳酸菌飲料。乳制品核心就是蛋白質含量，乳酸菌飲料的蛋白質含量僅有1%，遠遠低于酸奶蛋白質。
乳酸菌飲料中只含有少量的牛奶，其中蛋白質、脂肪、鐵及維生素的含量均遠低于酸奶。因此從營養價值上看，乳酸菌飲料遠不如酸奶，絕對不能用乳酸菌飲料代替牛奶、酸奶來喂哺寶寶，否則容易造成營養不良。
