木瓜牛奶的營養價值主要來源于其中的木瓜和牛奶成分，木瓜含有豐富的木瓜酵素和維生素A，可促進胸部發育。木瓜中的蛋白酶還能促進身體對蛋白質的吸收，另外木瓜中維生素C的含量之高竟是蘋果的48倍。
木瓜牛奶可以將脂肪分解為脂肪酸，木瓜中的一種酵素能夠消化蛋白質，促進人體對食物的消化和吸收，具有健脾消食的功效。牛奶中含有大量的維生素A，可以有效的防止皮膚干燥及暗沉，使皮膚白皙，有光澤，長期食用有助于新陳代謝。
木瓜牛奶除了營養價值高外，還具有抗疫殺蟲、淡化黑色素的作用。這是因為木瓜蛋白酶和木瓜堿具有抗結核桿菌及寄生蟲的功效，因此可用于殺蟲抗癆。牛奶中所含有的乳清對消除黑色素有非常好的作用，可以防治多種色素沉著引起的斑痕。
木瓜中的凝乳酶具有通乳的作用，木瓜堿還具有抗淋巴性白血病的功效。牛奶中含有鈣、鉀、磷等多種礦物質，因此木瓜牛奶具有通乳、減緩骨質流失的功效。木瓜牛奶的營養價值高，絕經期前后的中年婦女經常喝木瓜牛奶對健康十分有益。
