一、普通凍藏法
需要進行冷藏的菠菜一般是夜晚地面上凍，中午又能化凍時采收。采收時帶約1.6厘米長的根，清除泥土，整理捆把，每捆2公斤左右，放在陰涼處倒掉露水，待天氣轉冷時凍藏。貯藏場地應選在遮陰處，整平地面，挖寬深各35厘米的溝，溝間距5~10厘米，將菠菜根朝下擺放入溝，總厚度為25厘米左右。到嚴寒季節可在上面再加草苫子等，保持溝內溫度為-8℃至-5℃。
二、通風溝凍藏法
為克服普通凍藏法不能調節溫度的缺陷，可采用通風溝凍藏法。溝寬1.5米，深0.5米，順溝底挖兩條寬25厘米左右的通風道，通風道兩頭相通，通風用架桿橫鋪一層，將菠菜捆擺在架桿上，覆土與普通凍藏相同。天暖時利用通風道交換外界冷空氣，天氣轉冷后用草把堵塞通風道，開春天氣轉暖后再逐漸打開。
三、暖貯藏法
挖寬75厘米、深60厘米的溝，立冬至小雪間起菜，隨即將菠菜根朝下擺放溝內，蓋上一層甘蘭葉，溝頂蓋草苫。之后隨天氣變冷蓋草苫，使溝內保持0℃~2℃。
四、地上凍藏法
在收獲前5~6天，把菠菜場地整平，潑一層水，以保證有土不解凍為宜。貯菜時，先撒些菜葉或樹葉鋪底，然后把菠菜一捆挨一捆地擺在上面，再在菜的四周用菜葉或枝葉蓋好，約有10~12厘米即可。當菠菜內部凍結時，再在上面蓋10厘米厚的半干濕沙子，以防葉子失水過多，造成損失。
五、合畦凍藏法
選好菠菜生長健壯的地塊及合畦凍藏組合，每個組合三畦，其中左一畦和右一畦為起菜畦，中間一畦為凍藏畦。凍藏前，先用鐵撳把凍藏畦菠菜全鏟斷根系，其深度以入土1.5厘米為宜，全鏟時不要弄亂菜株。同種方法，把左右兩畦的菠菜鏟起，扣蓋在中間的凍藏畦上，葉部朝下，根部向上，3個畦子的菠菜合成1畦，貯藏當天，將后畦表面用土埋嚴，輕拍，使菠菜上下層之間密合，防止寒風進入，氣溫過低時，再蓋一層7~10厘米厚的細土，利用此法可貯到翌年春分。
六、氣調冷藏法
菜入庫前每立方米用15克硫磺點燃熏蒸庫房，封閉24~26小時消毒，放煙后將庫溫降至-2℃左右。將帶2厘米長根，一斤一捆的菠菜分層擺在架上，在菜溫與庫溫達到平衡進裝入規格為100厘米×80厘米的塑料袋中，并扎緊袋口。一般每袋裝10~13公斤，庫內溫度控制在-1℃~0℃，濕度控制在95%,如袋內有水則應加生石灰吸潮。封袋后靠呼吸自然降氧。當袋內二氧化分壓達到6%時開袋放風，給全氧，使氧分壓達到18%~21%,然后再封閉，一周后袋內二氧化碳又升到5%~6%,再開袋放風。這樣反復進行直到貯存結束。
