天然無殼瓜籽的加工工藝雖然不復雜，但要求每個環節都要做到精確細致。天然無殼瓜籽的加工工藝主要包括以下幾項分別是：初選、打磨、篩選、第一次取石、清洗、烘干、分級篩選、第二次取石、第三次取石、選別、包裝入庫。
1 初選
原料入初選機選除原料中顆粒較大的雜質及粉塵等物。
2 打磨
再進入打磨機，采用物理摩擦的方法，磨下粘附在瓜籽表面的種膜等遺物。
3 篩選
然后進入比重篩選機，進一步篩除其中的雜質和不飽滿的瓜籽，只讓飽滿的瓜籽進入下一個工序即第一次取石。
4 第一次取石
取石工藝很關鍵，在整個工藝流程中，應有三次取石的過程，否則，會在最終的產品中遺留下石頭、玻璃碎片等惡性雜質。所以一定要選擇性能好的去石機。
5 清洗
第一次取石后瓜籽進入清洗機，用流動的清水清洗干凈瓜籽表面的全部污物以及粘結在瓜籽上的瓜瓤。清洗時要求用流動的水，而且水流的方向要和瓜籽推進的方向相反，這樣清洗后的瓜籽才能保持潔凈。清洗干凈的瓜籽首先要通過振動抖水機抖去表面的水分，然后再進入烘干箱烘干。
6 烘干
烘干箱應選擇不銹鋼履帶連續供料式烘干箱，烘干的溫度應控制在80攝氏度以內，根據溫度的不同，調節履帶的運行速度，溫度高時履帶速度快，溫度低時履帶速度要慢，烘干箱烘干后送出的瓜籽水分含量通常在8%左右。
