市場上經常能見到益生元、益生菌食品，含有這些成分的產品在宣傳時都強調在維護腸道健康方面的功效。盡管益生元、益生菌僅一字之差且功能類似，但并不意味著兩者之間沒有差別。相反，二者根本就是完全不同的物質。直白的說，益生元是益生菌的糧食。
人體內存在著一個巨大的細菌生態群，它們最集中居住的地方是人的腸道，這些細菌維持著彼此的平衡。一般而言，多數細菌與人體相安無事。有一些能夠搗搗亂，代謝產生一些有毒或者有害的物質，這一類被叫做“有害菌”，還有一些能夠為保護它們的“生態環境”做出貢獻，比如通過代謝產生一些對人體有益的成分。這些“好細菌”在科學上被稱為“probiotic”，中文通常翻譯成“有益菌”，它是一種活性菌，如乳酸菌，保加利亞菌等。
至于益生元，則完全不同于益生菌。它是一種不能消化的碳水化合物，不含任何活性細菌，只是給有益菌提供食物。確切來說，益生菌是一種活性菌；而益生元通常公認分為三種：低聚果糖（FOS）、低聚半乳糖（GOS）和菊粉（inulin）。
通過補充益生菌或者益生元，都可以增加腸道內有益菌的數量，但兩者作用于人體的方式也大有區別。益生菌可直接添加服用，以維持腸道菌群的平衡，但部分益生菌在胃和小腸部分是能夠被殺死的，而且益生菌是外來細菌，相對于腸道里面的“原住民”細菌，入口的益生菌不一定全部到達腸部，甚至發揮作用。
而益生元則是腸道內有益菌的糧食，人體服用后可以通過胃和小腸不被消化，直接到達大腸，保持未消化狀態。益生元進入腸道后對腸道里的“原住民”有益菌產生刺激，增殖更多的有益菌。有益菌在益生元環境下能夠加強增殖和更好地發揮作用，而益生元則完全不可以被有害菌利用。
益生元與益生菌都會影響腸道菌群的平衡，但影響的方式完全不同，關鍵區別在于：益生元作用于本已存在于腸內的菌群，而益生菌是外部添加的細菌。具體來說，除了這點區別，還應該注意以下幾點：
1．益生元作為模擬母乳中的低聚糖，以未經消化的形式進入胃腸道，通過降低PH值，促進雙歧桿菌等有益菌的生長，間接地促進胃腸道健康和營養素的吸收。
2．益生菌是外源細菌，作用更直接。但是，它有較明顯的針對性，即針對不同的病因及體質，添加不同的菌種，如雙歧桿菌對胃腸道疾病有顯著功效等。
3．在胃部強酸性的環境下，外來細菌的存活性會受到考驗，因為只有活著進入胃腸道的有益菌才能發揮功效，而益生元不是生物，不存在存活率的問題。
4．免疫系統對于由外部而來的益生菌有識別的過程，當外部添加益生菌時，不同體質的寶寶可能會產生不同的反應。
從特點和作用機理來看，益生元在穩定性、有效期、安全性等方面，有優于益生菌的特點。同時專家表示，無論是益生菌還是益生元都不僅僅是對于嬰幼兒才有意義，而是對各個年齡段的人群都有意義。
