羊肚菌按照其子實體顏色可以分成3個支系,即黑羊肚菌、黃羊肚菌和變
尖頂羊肚菌
尖頂羊肚菌
紅羊肚菌。按照真菌分類學研究,羊肚菌屬有30個種,其中包括EmileJacquetant教授在《Les Morilles》(1984)一書中記載的羊肚菌屬的28個種(亞種或變型)、臧穆(1987)在喜馬拉雅山發現的新種M. tibetica和變紅羊肚菌種M. rufobrunnea。根據目前報道資料統計,我國現有羊肚菌15種,其中有8個種比較常見,即小頂羊肚菌Morchellaangusticeps、尖頂羊肚菌M. conica、粗柄羊肚菌M. crassipes、小羊肚菌M. deliciosa、開裂羊肚菌M. distans、高羊肚菌M. elata、羊肚菌M. esculenta和硬羊肚菌M. rigida。