羊肚菌一般從低海拔的平原地區到3200m的高海拔地區都有所分布。
羊肚菌多生長在闊葉林或針闊混交林的腐殖質層上。不同種類的羊肚菌對土壤條件的要求也不一致，很多文獻報道羊肚菌主要生長于富含腐殖質的沙壤土中或褐土、棕壤等。羊肚菌在火燒后的林地上比較容易大發生。羊肚菌一般在低溫、高濕條件下易萌發子實體，因此野生羊肚菌子實體的生長季節一般在每年3-5月或8-9月。有研究表明，羊肚菌的野外發生條件主要取決于上年度11月份的降水量，而當年羊肚菌發生的遲早取決于當年春季5cm表層土壤溫度是否穩定通過11.5℃。因此，羊肚菌的發生期受年度的氣候條件影響，與發生地區的氣溫、降雨量和降雨時間的早晚密切相關。一般來說，羊肚菌多發生在土壤濕潤或降雨量多而且容易保濕或地下水位較高的環境中。光線對子實體的形成有一定的促進作用，子實體的生長發育具有趨光性。足夠的氧氣和通風良好的場所是保證羊肚菌正常生長發育的必要條件。
