紫菜在自然分類系統中屬于紅藻門（Rhodophyta），原紅藻（Protoflorideophycese），紅毛菜目（Bangiales），紅毛菜科（Bangiaceae），紫菜屬（Porphyra）。紫菜屬包括真紫菜亞屬（Euporphyra）、雙皮層亞屬（Diploderma）及雙色素體亞屬（Diplastida）三個亞屬。
我國藻類學家曾呈奎與張德瑞根據葉狀體邊緣有無刺狀突起把真紫菜亞屬又分為3組，即刺緣紫菜組、全緣紫菜組和邊緣紫菜組。圓紫菜、壇紫菜屬刺緣紫菜組；甘紫菜、條斑紫菜屬全緣紫菜組；邊紫菜屬邊緣紫菜組。
